Le système québécois de santé et de services sociaux est constitué de 2 paliers de gestion. Les agences de la santé et des services sociaux, qui constituaient le palier régional, ont été abolies à la suite de l'entrée en vigueur, le 1^er avril 2015, de la Loi modifiant l'organisation et la gouvernance du réseau de la santé et des services sociaux notamment par l'abolition des agences régionales (LMRSSS)  (RLRQ, chapitre O-7.2).

Les fonctions et responsabilités qui étaient dévolues aux agences ont été partagées, d'une part, entre le ministère de la Santé et des Services sociaux (MSSS) et, d'autre part, entre les nouveaux établissements issus de la fusion des établissements publics d'une région et de l'agence de cette région. Ces établissements sont appelés des centres intégrés de santé et de services sociaux et des centres intégrés universitaires de santé et de services sociaux (centres intégrés). Lorsqu'un centre intégré se trouve dans une région sociosanitaire où une université offre un programme complet d'études prédoctorales en médecine ou lorsqu'il exploite un centre désigné institut universitaire dans le domaine social, il se nomme centre intégré universitaire de santé et de services sociaux.

Dans les régions sociosanitaires qui ont plus d'un centre intégré, soit les régions de Montréal, de la Gaspésie—Îles-de-la-Madeleine et de la Montérégie, l'agence a été intégrée à un seul de ces établissements.

Le système québécois de santé et de services sociaux est présenté dans la section Établissements de santé et de services sociaux.

Responsabilités du ministère de la Santé et des Services sociaux

• Réguler et coordonner l'ensemble du système de santé et de services sociaux;
• Déterminer les orientations en matière de santé et de bien-être et les standards relatifs à l'organisation des services ainsi qu'à la gestion des ressources humaines, matérielles et financières du réseau, et veiller à leur application;
• Exercer les fonctions nationales de santé publique (surveillance de l'état de santé, promotion de la santé et du bien-être, prévention des maladies, des problèmes psychosociaux et des traumatismes, protection de la santé);
• Assurer la coordination interrégionale des services;
• S'assurer que les mécanismes de référence et de coordination des services entre les établissements sont établis et fonctionnels;
• Répartir équitablement les ressources financières, humaines et matérielles et voir au contrôle de leur utilisation;
• Évaluer, pour l'ensemble du réseau, les résultats obtenus par rapport aux objectifs fixés, dans une perspective d'amélioration de la performance du système.

Responsabilités dévolues à tous les établissements de la santé et des services sociaux

• Offrir des services de santé et des services sociaux de qualité, qui sont accessibles, continus, sécuritaires et respectueux des droits des personnes;
• S'assurer du respect des droits des usagers et du traitement diligent de leurs plaintes;
• Répartir équitablement les ressources humaines, matérielles et financières mises à leur disposition, en tenant compte des particularités de la population qu'ils desservent et s'assurer de l'utilisation économique et efficiente de celles-ci;
• Réaliser des activités d'enseignement, de recherche et d'évaluation des technologies et des modes d'intervention lorsque ces établissements ont une vocation universitaire;
• Réaliser le suivi et la reddition de comptes auprès du MSSS en fonction de ses attentes.

Responsabilités particulières dévolues aux centres intégrés

• S'assurer de la participation de la population à la gestion du réseau;
• Planifier et coordonner les services à offrir à la population de leur territoire selon les orientations ministérielles, les besoins de la population et les réalités territoriales;
• Mettre en place les mesures visant la protection de la santé publique et la protection sociale des individus, des familles et des groupes;
• Assurer la prise en charge de l'ensemble de la population de leur territoire, notamment les clientèles les plus vulnérables;
• Établir les corridors de services régionaux ou interrégionaux requis et conclure des ententes avec les établissements et les autres partenaires de leur réseau territorial de services (RTS) pour répondre aux besoins de la population;
• Assurer le développement et le bon fonctionnement des réseaux locaux de services (RLS) de leur territoire;
• Accorder les subventions aux organismes communautaires et attribuer les allocations financières aux ressources privées concernées.

Les centres intégrés de santé et de services sociaux et les centres intégrés universitaires de santé et de services sociaux exercent les mêmes fonctions et responsabilités. Cependant, la composition des conseils d'administration des centres intégrés universitaires de santé et de services sociaux est différente, puisque 2 personnes sont nommées à partir d'une liste de noms fournie par les universités.