Le soutien à la recherche en santé publique consiste à appuyer la réalisation de projets de recherche et de synthèses de connaissances qui répondent à des besoins de connaissances du MSSS et de son réseau au regard de la mise en œuvre et de l'évolution du PNSP 2015‑2025, et plus largement, de l'action de santé publique. Certains mandats de recherche sont également confiés à des chercheurs en vue de combler des besoins précis. Le MSSS participe de plusieurs autres façons à soutenir la recherche en matière de santé publique en collaboration avec les ministères et organismes, les organismes subventionnaires, les organismes d'expertise et les universités.

Les fonctions de suivi et d’évaluation sont également essentielles, afin de veiller à la mise en œuvre de l’action de santé publique et de comprendre ses effets sur la santé et le bien-être de la population québécoise. Dans le cadre de ces fonctions, le MSSS réalise, en collaboration avec les directions de santé publique et l’INSPQ, un ensemble d’activités visant à colliger et analyser des données et de l’information permettant de mesurer et d’apprécier la mise en œuvre de l’action de santé publique et l’atteinte de ses objectifs et résultats. Ces activités permettent de soutenir la prise de décision et d’améliorer les services de santé publique. Le MSSS confie également des mandats d’évaluation à des organismes d’expertise, tels que l’INSPQ ou des universités.

Dans le but de soutenir les autorités et les acteurs de santé publique dans la planification et la prise de décision au regard des travaux de recherche, d’évaluation et de suivi dans le contexte de la pandémie, le MSSS a produit un document précisant les Orientations de santé publique en matière de recherche, d'évaluation et de suivi 2020-2024 : la pandémie de la COVID-19 et ses conséquences.