La stigmatisation structurelle découle des actions d'organisations et de systèmes qui, consciemment ou non, perpétuent des inégalités au détriment des personnes souffrant de problèmes de santé mentale ou de consommation de substances. Elle se manifeste souvent de manière implicite et reflète les inégalités ancrées dans les institutions et les pratiques sociales. Dans les soins de santé, elle se produit lorsque les lois, les politiques et les pratiques entraînent un traitement injuste des personnes ayant vécu ou vivant avec un problème de santé mentale, limitant l'accès équitable aux services pour ces personnes. Pour y remédier, il est essentiel d'améliorer les attitudes et les pratiques des prestataires, de coordonner les soins et de garantir l'équité entre les soins physiques et mentaux.

D’autres types de stigmatisation sont présents dans le RSSS. La publication La lutte contre la stigmatisation et la discrimination dans le réseau de la santé et des services sociaux les présente et propose des moyens visant à les combattre.