La mesure de la couverture vaccinale fait partie intégrante du PQI. La couverture vaccinale correspond à la proportion de personnes vaccinées dans une population à un moment donné. Elle permet d’évaluer le succès du programme et d’estimer la proportion de la population protégée.

Au Québec, les données de couverture vaccinale sont disponibles pour la vaccination des nourrissons, la vaccination en milieu scolaire et la vaccination contre la grippe et le pneumocoque chez les personnes âgées et les groupes à risque élevé.